Βασική επιδίωξη του Μουσείου, είναι η παραγωγή έντυπου υλικού, ειδικευμένου στο φυσικό περιβάλλον της Ελλάδας.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης έχει εκδώσει τα τελευταία χρόνια κάρτες, ημερολόγια και αφίσες, βιβλία και ενημερωτικό υλικό για το περιβάλλον.

Ήδη έχει τυπωθεί η σειρά "Η φύση της Ελλάδας" που μέχρι στιγμής περιλαμβάνει πέντε παιδικά βιβλία για το φυσικό περιβάλλον:

  • Αμφίβια και Ερπετά της Κρήτης. ISBN 960-367-002-2
  • Η Ζωή στα Φρύγανα. ISBN 960-367-003-0
  • Η Ζωή στις Σπηλιές. ISBN 960-367-001-4
  • Η Ζωή κάτω από τις Πέτρες. ISBN 960-367-000-6
  • Το Σκαντζοχοιράκι που δεν ήθελε τα αγκάθια του. ISBN 960-367-004-9
  • Proceedings of the Bearded Vulture Workshop (Irakleio, 21-24 November 1998). ISBN 960-367-006-5
  • Οδηγός Υπαίθρου για τη Γεωλογία της Κρήτης. ISBN 960-367-007-3
  • Field Guide to the Geology of Crete. ISBN 960-367-008-1
  • Proceedings of the 4th Bearded Vulture Workshop (Irakleio, 14-19 July 2000). ISBN 960-367-011-1
  • Fauna Greciae VIII. The slugs of Greece - Τα γυμνοσαλιγκάρια της Ελλάδας. ISBN 960-367-005-7
  • Απειλούμενα Ενδημικά Είδη Χλωρίδας στη Νότια Ελλάδα.
  • Απειλούμενα Ενδημικά Είδη της Χερσαίας Πανίδας στη Νότια Ελλάδα.
  • Ζώα και φυτά της Νότιας Ελλάδας που δέχονται πιέσεις λόγω της οικονομικής τους σημασίας.
  • Η πολιτισμική αξία των φυτών και των ζώων στην Κρήτη από τη Νεολιθική εποχή μέχρι σήμερα.
  • Συνεργασία για το περιβάλλον και την ανάπτυξη Νότιο Αιγαίο-Κρήτη-Κύπρος. ISBN 960-367-010-3
  • Herpetologia Candiana. ISBN 960-367-009-X
  • Ορεινές Περιοχές: Προβλήματα και Προτάσεις Διαχείρισης. ISBN 960-367-012-Χ
  • Τα "Μικρά Μετέωρα" της Καλαμαύκας. ISBN 960-367-013-8
  • Οικοτουριστικός Οδηγός Κύριων Υγροτόπων της Κρήτης. Έκδοση: Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης.
  • Οδηγός καλής πρακτικής για το σχεδιασμό και τη διαχείριση ταμιευτήρων με στόχο την επίτευξη πολλαπλών λειτουργειών. ISBN 960-367-017-0
  • Mountainous Crete. ISBN 960-367-019-7
  • Ορεινή Κρήτη. ISBN 960-367-018-9
  • Ο Γυπαετός του Άγιου Δίκαιου. dvd video
  • Αστερούσια Όρη - Φύση και πολιτισμός. dvd video
  • Οδηγός Ορθής Γεωργικής πρακτικής. ISBN 960-367-020-0
  • Άγιος Δίκαιος - Ορνιθολογικός Οδηγός. ISBN 960-367-021-9
  • Αστερούσια - Ορνιθολογικός Οδηγός. ISBN 960-367-022-7
  • Οικοτουριστικός Οδηγός Αγίου Δικαίου. ISBN 960-367-024-3
  • Οικοτουριστικός Οδηγός Αστερουσίων. ISBN 960-367-025-1

Εκδόσεις σε ψηφιακή μορφή

 Οικοτουριστικός Οδηγός Κύριων Υγροτόπων της Κρήτης. Έκδοση: Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης