Η μεγάλη ποικιλία και ιδιαιτερότητα των οικοσυστημάτων της Κρήτης και της ευρύτερης περιοχής, καθώς και η ανάγκη για την προστασία των οικοσυστημάτων αλλά και των ειδών, μέσα σε ένα χώρο που οι ανθρώπινες δραστηριότητες προκαλούν συνεχείς και έντονες αλλαγές, έχουν διαμορφώσει στο Μ.Φ.Ι.Κ. μια πολύ δραστήρια ομάδα επιστημόνων που δραστηριοποιούνται σε θέματα βασικής οικολογικής έρευνας, αλλά κυρίως σε θέματα διαχείρισης και διατήρησης της βιοποικιλότητας.
Το Εργαστήριο Οικολογίας & Διαχείρισης περιβάλλοντος δραστηριοποιείται στην υλοποίηση ευρωπαϊκών, εθνικών και περιφερειακών προγραμμάτων σε θέματα διαχείρισης περιβάλλοντος, ενώ πραγματοποιεί δράσεις ενημέρωσης και ευαισθητοποίησης σε εθνικό, περιφερειακό και τοπικό επίπεδο. Επίσης γνωμοδοτεί για Μελέτες Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΜΠΕ) σε περιοχές του δικτύου NATURA 2000.
