Η εφορία ασπονδύλων ασχολείται με όλους τους ζωικούς οργανισμούς εκτός από τα αρθρόποδα και τα σπονδυλωτα, δηλαδή μαλάκια, γεωσκώληκες, νηματώδεις καθώς και όλα τα μικρά φύλα ζώων.
Στόχος της εφορίας ασπονδύλων είναι η μελέτη, συλλογή και διατήρηση όλων των αντιπροσώπων της Μεσογείου, με έμφαση στα χερσαία ζώα.