Η εφορία σπονδυλωτών, θεωρεί τον άνθρωπο ως μέρος της φύσης αλλά ταυτοχρόνως ξεχωριστό λόγω της συνείδησης που διαθέτει. Το γεγονός αυτό και η συσσωρευμένη εμπειρία από τη σύντομη ύπαρξή μας στον πλανήτη, μάς επιφορτίζει με το χρέος της φροντίδας για ότι βλέπουμε γύρω μας.
Η αντίληψη που έχουμε για το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας είναι αυτή ενός δυναμικού αρχείου αναφοράς από όπου αντλούμε δεδομένα για να εκπληρώσουμε το χρέος της φροντίδας για τη Φύση. Βασικός σκοπός της εφορίας σπονδυλωτών είναι η συλλογή στοιχείων για αυτό το δυναμικό αρχείο καθώς και η προστασία και συντήρησή του για να μπορεί να χρησιμοποιηθεί από τις επόμενες γενιές.
Το αρχείο αυτό αξιοποιείται επίσης για τις ερευνητικές και τις εκπαιδευτικές δραστηριότητες του Μ.Φ.Ι.Κ. καθώς και για τις ανάγκες ερευνητών από άλλα ιδρύματα του εσωτερικού και του εξωτερικού αλλά και για οποιονδήποτε άλλο σκοπό (διαχείριση, προστασία κ.ά.) συμβάλλει στη φροντίδα της κοινής μας κληρονομιάς.